Με τη χρήση του κυτταρομετρητή ροής FacsCALIBUR της Becton-Dickinson γίνεται η μέτρηση των CD34+ και CD45+ κυττάρων πριν αλλά και αφού έχουν απομονωθεί τα βλαστοκύτταρα.  Με τον έλεγχο αυτό αξιολογείται η διαδικασία απομόνωσης και γνωρίζουμε επακριβώς την ποιότητα του δείγματος τη στιγμή της κατάψυξής του.

Με τη χρήση του Συστήματος Μικροβιακής Ανίχνευσης BacTALERT της Biomerieux, γίνεται έλεγχος για πιθανή επιμόλυνση των δειγμάτων από αερόβιους και αναερόβιους μικρο-οργανισμούς, κυρίως κατά τη διαδικασία της συλλογής, αλλά και της εργαστηριακής διαδικασίας.  Στην περίπτωση που ανιχνευθεί κάποια επιμόλυνση, γίνεται επανάληψη της διαδικασίας, επιβεβαίωση του αποτελέσματος, ταυτοποίηση του μικροβίου που ανιχνεύθηκε, καθώς και αντιβιόγραμμα, για τον εντοπισμό των κατάλληλων αντιβιοτικών που μπορούν να το αντιμετωπίσουν.